ایجاد مقاومت در آفات، طغیان مجدد آفات، جایگزین شدن آفات جدید، ایجاد مسمومیت در انسان، آلودگی محیط زیست و صدمه به جانوران و حشرات مفید از جمله معایب اثرات بی رویه سموم در بخش کشاورزی است.
بعد از تحقیق و اعلام گزارشهایی در مورد عوارض و یا مسمومیت های ناشی از مصرف دانه های بعضی از میوه ها و برگ بعضی سبزیها، دانشمندان اینها را به عنوان خوارکیهای ممنوعه اعلام کردند.
