در زراعت ارگانیک رعایت تناوب های بهینه زراعی و کشت های مخلوط از اهمیت و جایگاه ویژه ای برخوردار است.
باید تا حد ممکن از روش های بدون شخم یا کم شخم برای آماده سازی زمین بهره گیری شود و از کاربرد کودها و سموم شیمیایی پرهیز شود.
نظام مدیریت تلفیقی که مبتنی بر استفاده از تمام اجزای محیط پیرامون باشد و جانوران هم بخشی از این نظام به شمار آیند، باید برقرار شود. از این رو لازم است توازنی مطلوب بین تولید محصول های زراعی و دامی ایجاد شود.
استفاده از پوسان (کمپوست) و پسماند شهری و لجن فاضلاب هم می تواند به عنوان یک کود ارگانیک به شمار آید، ولی یکی از تنگناهای استفاده از این منبع، مقدار بالای عناصر سنگین است که در این مواد وجود دارد.
با توجه به محدودیت های یاد شده یکی از راهکارها جهت کوددهی ارگانیک، بهره گیری از علف های ناخواسته (هرز) و بقایای گیاهی به صورت چالکود یا کانال کود در طول فصل رشد می تواند به عنوان یک کود سبز عمل کند.
افزایش فعالیت باکتری های تقویت کننده رشد گیاهان استقرار هر چه بیشتر قارچ-ریشه و سرانجام تقویت باکتری های همزیست تثبیت کننده نیتروژن در خاک، به عنوان تقویت کننده زیستی خاک می باشد.
در صورت نیاز، مبارزه با علف های هرز باید به روش های مکانیکی و غیر شیمیایی صورت گیرد و از سوزاندن پوشش گیاهی پرهیز شود.
و در آخر تولید با پیشگیری از تخریب محیط زیست، تهدید منابع طبیعی و به هم خوردن تعادل بوم نظام ها انجام شود.
