یکی از مهم ترین مسائل کشت و کار خربزه، وجود آفات مختلف میوه خوار، از جمله مگس های میوه و سرخرطومی جالیز می باشد که ضمن تغذیه از میوه و افت کمی و کیفی محصول، باعث کاهش قابل توجهی در بازارپسندی میوه می شوند.
به علاوه وجود یک لارو داخل میوه، راه ورود قارچ های گندخوار را باز کرده و باعث
پوسیدگی میوه شده که در پی آن خسارات جبران ناپذیری به توزیع کننده تحمیل می گردد.
چنین محصولی با توجه به عدم بازارپسندی، عدم توانایی رقابت با محصولات سالم،
و همچنین به دلیل وجود قوانین قرنطینه ای و مسائل بهداشتی، به هیچ وجه امکان صادرات ندارد و این امر سبب از دست دادن جایگاه بازار پر رقیب جهانی شده و درنتیجه خسارت قابل توجهی به منابع ارزی غیر نفتی کشور وارد می آورد.
