مهمترین بیماری های گیاه خیار در طول دروه رشد، بیماری قارچی می باشد که باعث خسارات شدیدی بر روی گیاه شده و کمیت و کیفیت محصولات را به طور قابل ملاحظه ای کاهش می دهد.
بیماری های قارچی گیاه خیار عبارتند از بوته میری، پژمردگی بوته، پژمردگی ورتیسلیومی، آلترناریا یا لکه موجی، پوسیدگی اسکلروتینیایی، پوسیدگی فیتوفتورایی ریشه، سفیدک سطحی، کپک خاکستری، سفیدک داخلی، آنتراکنوز، گموز خیار، پوسیدگی میوه، پوسیدگی سیاه طوقه و ریشه و پوسیدگی سیاه ساقه.