کنجد به طور معمول در برابر خشکی مقاوم است. با این وجود گیاهچه کنجد در برابر کمبود آب بـیش از حد حساس است. همچنین در زمان گلدهی و اوایل دانه بندی نیز به کم آبی حساس می گردد.
آبیاری، بسته به نوع زمین کشت به طریق کرتی (غرقابی) یا جوی و پشـته صـورت می گیرد. ایـن نبات به ویژه در مراحل اولیه گیاهچه ای در برابر پوسیدگی ریشه و سایر بیماری های قارچی ناشی از مردابی شدن یا رطوبت اضافی حساس است.
