در یک سیستم آکواپونیک از پساب ماهی به عنوان کود آلی برای گیاه استفاده و آب تصفیه شده توسط گیاه نیز به استخر پرورش ماهی یا سایر آبزیان منتقل میشود.
آکواپونیک علم جدیدی شامل ترکیب آبزی پروری و پرورش گیاهان در آب است که از تلفیق سیستم پرورش ماهی مدار بسته با سیستم گلخانه ای هیدروپونیک ایجاد می شود.
در سیستم های مدار بسته پرورش ماهی به مرور زمان غلظت برخی از مواد آلی زیاد می شود که برای آبزیان مضر است، ولی همین مواد آلی غذای اصلی گیاهان می باشد و با هدایت آب در سیستم های هیدروپونیک به مصرف گیاهان می رسد. این فرایند نیاز های اصلی گیاهان برای رشد و نمو را تامین می کند و در عین حال آب توسط گیاهان تصفیه شده و به سیستم پرورش ماهی برگشت داده می شود.در این سیستم مواد دفعی ماهی که عمدتا ترکیبات نیتروژن دار از قبیل آمونیاک، و ترکیبات غیر نیتروژنی مثل فسفر میباشند بوسیله گیاه جذب شده و از آب حذف میشوند.
در آکواپونیک عناصر غذایی موجود در آب استخر پرورش ماهی به عنوان کود در سیستم هیدروپونیک و در بستر گیاهان مصرف میشود و این عمل برای ماهی نیز سود دارد چون تجمع مواد تولید شده ناشی از تجزیه بقایای گیاهان و میکروارگانیسمها در بستر استخر و ترکیبات ازته و فسفر ناشی از تغذیه ماهیان در آب تجمع یافته و عامل محدود کننده شرایط زیست ماهیان می شود.
آب یا پساب حاصل از پرورش ماهیان به عنوان یک منبع کودی آلی است. محصولات تولیدی در چنین سیستمی به عنوان محصول سالم و ارگانیک شناخته میشوند و در فروش و بازاریابی ماهیان و گیاهان تولید شده نقش مهمی دارد، ضمن این که از یک واحد تولیدی، دو نوع محصول تولید میشود و در مناطق خشک و نیمهخشک که با کمبود آب مواجه هستند آکواپونیک نقش مهمی داشته و مدلی برای کشاورزی پایدار است.